Jugó 79 minutos del partido antes de ser sustituido. Su primer gol en la Champions llegó en su quinta aparición en la competición en el que Bayern Múnich perdía 2-1 ante el PSV Eindhoven, fue sustituido en el campo en el minuto 26 por Paulo Sérgio y anotó con un disparo de derecha a los 51 minutos. Santa Cruz había marcado dos goles en cinco partidos de la Copa Libertadores y no participaría en la última fecha de etapa de grupos de su club, una derrota 4-0 contra el Corinthians el 9 de abril, debido a su participación en la sub-20 de Paraguay en el Campeonato Mundial Juvenil de la FIFA 1999, que se disputó al mismo tiempo.
