Para los torneos de Prode 85 y México 86, Fernando Corona Álvarez regresó por segunda ocasión a la presidencia del equipo y como técnico Eduardo Ramos Escobedo, camiseta futbol baratas sin embargo los resultados no mejoraron tanto el Álvarez como Escobedo fueron reemplazados en la campaña de 1986-87 por Germán Sánchez Fabela y Arpad Fekete respectivamente; la nueva directiva logró las incorporaciones de Wilson Graniolatti y Toluca terminó en el 13° lugar general. La campaña 1982-83, fue considerablemente buena al culminar la temporada en quinto lugar general; sin embargo para la siguiente temporada Fernández dejó la presidencia del equipo y fue reemplazado por Germán Sánchez Fabela, quien logró la incorporación de Miguel Ángel Cornero, culminando la temporada en décimo lugar general. El Deportivo Toluca se mantuvo bajo la dirección técnica de José Manuel de la Torre y finalizó el torneo como segundo lugar de su grupo y tercer lugar general; tras clasificar a la liguilla, el Deportivo eliminó al Club América en los cuartos y al Pachuca en las semifinales para volver a clasificar a la final en la cual culminaría coronándose campeones tras vencer al Santos Laguna en la estancia de penales disputada en el Estadio Nemesio Díez.
Los malos resultados para Toluca continuaron y en la temporada de 1984-85 José Antonio Roca dejó la dirección técnica del equipo al igual que Germán Sánchez quien fue reemplazado en la presidencia nuevamente por Jesús Fernández; quien designó como técnico del plantel a José Luis Estrada culminando nuevamente en los últimos lugares de la competencia. Para la siguiente temporada la suerte de Toluca no mejoró y finalmente Naime dejó la presidencia en manos de Jesús Fernández y paralelamente Jorge Marí fue reemplazado por José Antonio Roca en la dirección técnica del conjunto escarlata. Comenzando la década de los 90 Visetti Vogelbach dejó la presidencia del equipo y comenzó la dirección de Antonio Mañón, el Toluca contrató a Raúl Cárdenas y culminó en décimo lugar general. Esa misma temporada llegaría a la presidencia del equipo el señor Fernando Corona Álvarez que en conjunto con la dirección técnica comenzó a trabajar con las fuerzas básicas de donde surgieron jugadores como Eleuterio López y Ángel Ramos.
Con la nueva presidencia a cargo el Deportivo Toluca logró nuevamente el título en el Apertura 2008 al vencer 7-6 en muerte súbita de la serie de penales al Deportivo Cruz Azul para un global de 9-8 total, consagrándose como el equipo más ganador de México en los torneos cortos y el tercero históricamente ya que rebasó al mismo Cruz Azul con 9 campeonatos ya que ambos buscaban la novena estrella para su escudo en esa Final; se adquirieron grandes jugadores como Héctor Raúl Mancilla, quien logró el bicampeonato goleo en el Apertura 2008 y Clausura 2009. El 20 de agosto de 2009 el Toluca debutó como México 1° en la Liga de Campeones de la Concacaf, replicas camisetas futbol la cual fue instaurada en 2008 como una nueva edición de la Copa de Campeones de la CONCACAF. Durante la cena de hermanamiento posterior al partido entre los dos equipos, los jugadores del conjunto madrileño preguntaron a los jugadores del equipo vasco si disponían de más camisetas rojiblancas. Para la parte de refuerzos extranjeros para el Torneo Apertura 2016 llegaría de nuevo un viejo conocido, que fuera campeón en la institución en 2010, el chileno Osvaldo González, más el brasileño Maikon Leite que anteriormente en el año 2014 jugaba en México para el Atlas F.C.; otros refuerzos fueron los argentinos Rodrigo Gómez procedente del Club Atlético Independiente, otro argentino se sumará al plantel Pablo Barrientos quien durante la última temporada jugó con el San Lorenzo de Almagro, más la incorporación de el inglés-mexicano Antonio Pedroza quien llegaba procedente del Club Sport Herediano de Costa Rica y el último refuerzo para cerrar el plantel fue el argentino Jesús Méndez quien llegaba procedente del Independiente.
En el Verano 99, Toluca logró un invicto que duró por 12 jornadas, mismo que perdieron ante la máquina de Cruz Azul, al término del torneo se ubicaron nuevamente como líderes generales contabilizando un total de 39 puntos, cincuenta goles y solo dos derrotas. La temporada regular culminó el 8 de junio de 1975 y los equipos clasificados al cuadrangular final fueron Toluca y el Cruz Azul como integrantes del grupo de los nones y respectivamente el Unión de Curtidores y Club León por parte de los pares; de acuerdo a los establecido por la Federación Mexicana; los dos primeros lugares de cada grupo debían enfrentarse, resultando campeón el equipo que más puntos obtuviera. En julio de 1977 el Club Deportivo Toluca festejó su 60 aniversario con la publicación del libro «Historia del Club Deportivo Toluca» de Juan Manuel Cid. Para este entonces en el torneo nacional de reservas se llegó a la final con un equipo bien dirigido por Rubén Salas Exjugador del club, en el plantel de este equipo de reservas figuraban ya los nombres de: Julio Aguilar, Salvador Carmona, Ricardo Velázquez, El Camarón Díaz Leal, Felipe Aguirre, Rubén González, José Manuel Abundis. En el torneo logró ubicarse en el primer lugar general venciendo a equipos como Tigres, Necaxa y Monterrey para lograr su clasificación a la liguilla.